Selain bahan berbahaya, terdapat banyak bakteria dan virus dalam kumbahan. Oleh itu, pembasmian kuman klorin digunakan secara meluas untuk membunuh bakteria dan virus di dalam air semasa peringkat efluen air paip dan loji rawatan kumbahan.
Dalam rawatan air penyejuk beredar industri, klorin juga digunakan untuk mensterilkan dan mengeluarkan alga. Dalam proses penyejukan peredaran air, disebabkan oleh penyejatan sebahagian air, nutrien dalam air tertumpu, dan bakteria dan mikroorganisma lain akan membiak dalam kuantiti yang banyak dan mudah membentuk kotoran lendir. Terlalu banyak kotoran lendir akan menyebabkan paip tersumbat dan kakisan.
Pengklorinan biasanya melibatkan suntikan klorin ke dalam air untuk membunuh bakteria dan mikroorganisma lain, biasanya dalam klorin botol.
Untuk mengekalkan kesan bakteria, baki klorin hendaklah sentiasa disimpan pada {{0}}.5 ~ 1mg/L dalam air yang dinyahcas dan pada hujung rangkaian bekalan air pada 0 .05 ~ 0.1mg/L.