Adalah penting untuk membersihkan FilterBalls kolam anda dengan kerap untuk mengelakkannya daripada tersumbat dan tidak berkesan. Bergantung pada saiz kolam anda dan jumlah penggunaannya, anda mungkin perlu membersihkan FilterBalls anda sekerap sekali seminggu atau sesedikit sekali sebulan. Untuk membersihkan FilterBalls anda, hanya keluarkannya dari penapis dan bilas dengan hos.
Anda juga boleh merendamnya dalam baldi air sabun untuk pembersihan yang lebih menyeluruh. Pastikan anda membilas sabun sepenuhnya sebelum memasukkan semula bebola ke dalam penapis.