Prinsip pembasmian kuman natrium hipoklorit terutamanya merangkumi tiga aspek:
Asid hipoklorus terbentuk melalui hidrolisis, dan asid hipoklorus selanjutnya terurai untuk membentuk oksigen ekologi baharu. Sifat pengoksidaan yang kuat bagi oksigen ekologi baharu mendenaturasi bahan seperti protein pada bakteria dan virus, dengan itu membunuh mikroorganisma patogen.
Asid hipoklorus boleh menembusi bakteria (virus) dan bertindak balas dengan polimer organik seperti protein bakteria (virus), asid nukleik dan enzim, dengan itu membunuh mikroorganisma patogen.
Ion klorida yang dihasilkan oleh asid hipoklorik boleh mengubah tekanan osmotik bakteria dan virus dengan ketara, menyebabkan sel-sel mereka kehilangan aktiviti dan mati.